Na terenie RDLP w Krakowie istnieje ogromne bogactwo gatunków zwierząt, roślin i grzybów, wynikające z różnorodności geobotanicznej regionu, lesistości, mozaiki użytków a także sposobu gospodarowania w lasach o złożonej strukturze dostosowanej do wyjątkowej różnorodności typów siedlisk.

Ochrona gatunkowa jako jedna z form ochrony przyrody na terenie RDLP w Krakowie realizowana jest zgodnie z ustawą o ochronie przyrody z dnia kwietnia 2004 r.  
(z późn. zm.) i rozporządzeniami wykonawczymi Ministra Środowiska w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt, roślin i grzybów.

Obowiązujące rozporządzenia to:

• Rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 16 grudnia 2016 r. w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt.
• Rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 9 października 2014 r. w sprawie ochrony gatunkowej roślin.
• Rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 9 października 2014 r. w sprawie ochrony gatunkowej grzybów.

Ochrona gatunkowa realizowana jest we wszystkich możliwych sposobach, jako:

• Ochrona ścisła (całkowita) - dotycząca całkowitego zakazu niszczenia, usuwania, zabijania, czy przenoszenia roślin, grzybów i zwierząt zaliczanych do gatunków chronionych.
• Ochrona częściowa - dopuszczającą wobec objętych ochroną gatunków roślin, zwierząt i grzybów możliwość ingerencji w  liczebność osobników, ich części lub populacji.
• Ochrona strefowa  - zapewniająca ochronę ostoi, miejsc rozrodu i regularnego przebywania zwierząt objętych ochroną gatunkową mogą być ustalane strefy ochrony.

Ochrona gatunkowa może dotyczyć:

• pojedynczych gatunków roślin i zwierząt.
• całych złożonych ekosystemów, będących środowiskiem życia tych gatunków.