Ochrona gatunkowa jako jedna z form ochrony przyrody na terenie RDLP w Krakowie realizowana jest zgodnie z ustawą o ochronie przyrody z dnia kwietnia 2004 r.  (z późn. zm.) i rozporządzeniami wykonawczymi Ministra Środowiska w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt, roślin i grzybów.

Obowiązujące rozporządzenia to:

• Rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 16 grudnia 2016 r. w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt.
• Rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 9 października 2014 r. w sprawie ochrony gatunkowej roślin.
• Rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 9 października 2014 r. w sprawie ochrony gatunkowej grzybów.

Ochrona gatunkowa realizowana jest we wszystkich możliwych sposobach, jako:

• Ochrona ścisła (całkowita) - dotycząca całkowitego zakazu niszczenia, usuwania, zabijania, czy przenoszenia roślin, grzybów i zwierząt zaliczanych do gatunków chronionych.
• Ochrona częściowa - dopuszczającą wobec objętych ochroną gatunków roślin, zwierząt i grzybów możliwość ingerencji w  liczebność osobników, ich części lub populacji.
• Ochrona strefowa  - zapewniająca ochronę ostoi, miejsc rozrodu i regularnego przebywania zwierząt objętych ochroną gatunkową mogą być ustalane strefy ochrony.

Ochrona gatunkowa może dotyczyć:

• pojedynczych gatunków roślin i zwierząt
• całych złożonych ekosystemów, będących środowiskiem życia tych gatunków.

W przypadku ochrony środowisk życia gatunków jako wsparcie dla ochrony gatunkowej wykorzystywane są inne formy ochrony przyrody np.: rezerwaty florystyczne i faunistyczne, (Przykłady - rezerwat „Długosz Królewski w Nadl. Niepołomice, rezerwat „Mogielica” w Nadleśnictwie Limanowa), powierzchniowe  pomniki przyrody ( przykład -  stanowisko lilii złotogłów w Leśnictwie Ropki w Nadl. Łosie, dwa stanowiska języcznika zwyczajnego  Leśnictwo  Roztoka Wielka w Nadl. Piwniczna.

Również przedmioty ochrony w obszarach Natura 2000  są gatunkami chronionymi wg prawa polskiego.

Na listach gatunków zwierząt, roślin i grzybów objętych ochroną ścisłą i częściową znajdują się gatunki których ochrona nie wyklucza prowadzenia racjonalnej gospodarki leśnej na siedliskach na których występują  oraz gatunki, których występowanie wyklucza jakiekolwiek działania gospodarcze.

Ochrona strefowa przewiduje wyznaczanie obszarów wokół stanowisk roślin i grzybów  oraz ostoi, miejsc rozrodu i regularnego przebywania zwierząt objętych ochroną gatunkową. Ochronę strefową należy stosować wobec 30 gatunków zwierząt, 12 gatunków roślin  i 11 gatunków grzybów

 Na terenie RDLP w Krakowie występuje 7 gatunków  zwierząt, konkretnie ptaków dla których ustalono 39 stref ochrony ostoi, miejsc rozrodu lub regularnego przebywania gatunków o łącznej powierzchni 1 358,15 ha.

Utworzono ( wg stanu na 31.2019 ): 

• 13 stref ochrony bociana czarnego, 
• 19 stref ochrony orlika krzykliwego,
• 2 strefy ochrony  puchacza,
• 2 strefy ochrony  bielika,
• 1 strefę ochrony orła  przedniego,
• 1 strefę ochrony sóweczki  oraz
• 1 strefę ochrony głuszca

Monitorowanie stanu gniazd i ich zasiedlenia oraz obserwacja wyprowadzonych lęgów jest obowiązkiem pracowników Służy Leśnej.

Różnorodność gatunkowa na terenie RDLP w Krakowie jest wyjątkowo duża. Wynika ona z różnorodności geobotanicznej obszaru, struktury i wielkości kompleksów leśnych, sposobu gospodarowania w lasach o złożonej strukturze dostosowanej do wyjątkowej różnorodności typów siedlisk i wielu innych czynników. Stwarza to warunki do rozwoju różnorodności gatunkowej, w tym różnorodności wyjątkowych gatunków objętych ochroną.

W zasięgu terytorialnym RDLP rozpoznano stanowiska 291 gatunków roślin chronionych z 446 występujących na obszarze całej Polski.

Ustalenie liczebności zwierząt chronionych oparte jest głownie na obserwacjach i szacowaniu ich liczby. Obecnie obok tradycyjnych metod ważną rolę w ocenie liczebności i kondycji zwierząt, szczególnie dużych drapieżników odgrywają fotopułapki oraz badania genetyczne.

Pozwalają one ocenić liczebność rysia żyjącego w lasach RDLP w Krakowie na ponad 80 osobników. Pomagają w ocenie liczebności wędrujących wilków i niedźwiedzi, które są często obserwowane w lasach RDLP w Krakowie. W 2019 roku zanotowano ponad 200 obserwacji wilków i 17 obserwacji niedźwiedzi.

Gatunkiem szczególnej ochrony w RDLP w  Krakowie jest głuszec, którego liczebność w lasach RDLP w Krakowie na stokach Babiej Góry, Policy, Gorców i Beskidu Sądeckiego ocenia się na około 80 osobników

Wyjątkowym wsparciem dla ochrony gatunkowej głuszca jest realizacja od 2009 roku w Nadleśnictwie Nawojowa  programu „Reintrodukcji głuszca w Paśmie Jaworzyny Krynickiej”.

Na terenie RDLP w Krakowie w Nadleśnictwie Niepołomice znajduje się zamknięta hodowla żubrów tzw. Ośrodek Hodowli Żubrów realizujący od okresu międzywojennego (1925 r.) program ochrony tego gatunku.