Listę pomników przyrody leżących na gruntach Skarbu Państwa będących w zarządzie Nadleśnictw RDLP w Krakowie tworzy: 89 drzew, 9 grup drzew, 1 aleja, 2 głazy narzutowe, 22 wychodnie skalne, 2 źródła, 2 jaskinie. (Wg stanu na 31.04.2020r.)

Wszystkie obiekty uznane za pomniki przyrody wyróżniają się wyjątkową wartością przyrodniczą i indywidualnymi cechami. Najczęściej są to wiekowe drzewa o pokaźnych rozmiarach i wyjątkowym pokroju – dęby, buki, jodły, lipy, wiązy, jedlica i inne.

Szczególnym pomnikiem przyrody jest aleja w Nadleśnictwie Dębica, w miejscowości Żdżary złożona z 105 drzew, głównie dębów, lip, klonów, wiązów, robinii i olszy.

Wśród innych obiektów uznanych za pomniki przyrody w lasach Nadleśnictw RDLP w Krakowie wyróżniają się wychodnie skalne charakterystyczne dla obszaru Pogórza i jaskinie.

W RDLP w Krakowie 15 pomników przyrody wymaga ochrony powierzchni na której znajduje się skupisko wyjątkowych tworów przyrody. Powierzchniowe pomniki przyrody obejmują 55,25 ha lasu.

O różnorodnej roli pomników przyrody w środowisku świadczy sposób ochrony dwóch jaskiń - pomników przyrody zlokalizowanych na gruntach RDLP w Krakowie.

• „Jaskinia Wierzchowska Górna” w Dolinie Kluczwody w Nadleśnictwie Krzeszowice w miejscowości Wierzchowie, na terenie obszaru Natura 2000 PLH120005 Dolinki Jurajskie. Jaskinia to system około 1 km korytarzy i komór, z czego znaczna cześć jest udostępnionych do zwiedzania. Obiekt jest w dzierżawie. Dzierżawca dba o ochronę walorów przyrodniczych obiektu, sposób udostępnienia i obsługę turystyczną.
• „Jaskinia Zbójecka” na Łopieniu w Beskidzie Wyspowym w Nadleśnictwie Limanowa, leżąca w obszarze Natura 2000 Uroczysko Łopień PLH120078. Jaskinia jest obiektem zamkniętym dla turystów. Odwiedzają ją tylko chiropterolodzy, którzy monitorują hibernującą w jaskini, jedną z największych w Polsce zimowych kolonii podkowca małego.