Stan zdrowotny małopolskich lasów jest dobry. Najlepszym stanem zdrowotnym charakteryzują się lasy mieszane, ze znacznym udziałem jodły, buka, dębu i gatunków domieszkowych, takich jak: jawor, lipa, wiąz, osika, brzoza, olcha. Są to lasy o składzie gatunkowym dostosowanym do siedlisk i naturalnym charakterze. Jedynie jesion, świerk i miejscami sosna wykazują objawy osłabienia i zamierania.

 Osłabione drzewostany świerkowe podlegają sukcesywnej przebudowie. Problem ten występuje głównie w lasach Podtatrza, Podhala, Orawy i na Spiszu. Przyczyny zamierania jesionu nie zostały dotychczas jasno określone. Gatunek ten zamiera we wszystkich klasach wieku na terenie całej Regionalnej Dyrekcji Lasów Państwowych. Obserwowane osłabienie drzewostanów sosnowych w Nadleśnictwach Dąbrowa Tarnowska, Niepołomice i Dębica na niewielkich powierzchniach spowodowane jest przede wszystkim okresowym zalewaniem drzewostanów oraz uszkodzeniem przez owady (osnuję, przypłaszczka).

We współczesnej ochronie lasu najważniejsza jest profilaktyka, której głównym zadaniem jest zapobieganie powstawaniu chorób lasu.  W lasach RDLP w Krakowie zadanie to realizujemy poprzez hodowlę drzewostanów wielogatunkowych, różnowiekowych, dostosowanych do warunków siedliskowych. Drzewostany nie spełniające tych założeń poddawane są procesom przebudowy. W ramach zabiegów pielęgnacyjnych wykonujemy również czynności, które mają na celu uodpornienie lasów na działanie czynników szkodliwych. Są one wzorowane na procesach zachodzących w lasach pierwotnych, to jest takich, które wzrastają bez ingerencji człowieka. Do takich czynności należą na przykład: ochrona różnorodności biologicznej,  w lasach polegające na zachowaniu i wspieraniu wszystkich składników ekosystemu – organizmów żyjących w martwym drewnie, ptaków, drobnych ssaków, płazów itp. Unaturalnienie lasów sprzyja procesom samoregulacji i opierania się niekorzystnym wpływom zewnętrznym zachodzącym w naturalnych ekosystemach.

Szkody w lasach powoduje także zwierzyna łowna, zgryzając pędy wierzchołkowe odnowień i niszcząc korę drzew (spałowanie).

Roczny zakres prac zabezpieczających przed zwierzyną łowną to 293 ha ogrodzonych upraw i 3994 ha zabezpieczeń substancjami odstraszającymi.